Réévaluation de la biodiversité du microbiote méthanogène intestinal humain et influence de l'âge sur sa constitution - Université Clermont Auvergne Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2009

Reassessment of biodiversity methanogenic microbiota human intestinal and influence of age on the constitution

Réévaluation de la biodiversité du microbiote méthanogène intestinal humain et influence de l'âge sur sa constitution

Résumé

The intestinal microbiota constitutes a rich and varied enzymatic activities tank. Its expression is an integral part of the organism's physiology and has an influence on its health. The methanogenic Archaea, whose detection by classic cultural methods is difficult, are so far represented only by two hydrogenotrophic Methanobacteriales in this microbiota : Methanobrevibacter smithii and Methanosphaera stadtmanae. The purpose of this thesis was to bring a molecular vision of the diversity of the methanogenic Archaea of the microbiota and to look for the influence of age on this community. The research has been led by the analysis of the mcrA cistron, a specific molecular marker of methanogenesis, and of the 16S rRNA gene. It has revealed that the archaeal diversity colonizing this ecosystem is increased by new phylotypes which cannot be attached to any of the 5 previously described methanogenic orders, and may correspond to other methanogens affiliated to Thermoplasmatales or cohabiting with unknown Thermoplasmatales. Their frequency appears to be associated with their host's age, according to a study carried out on 63 individuals of different age-groups : 23 newborns (3 weeks to 10 months), 20 adults (from 25 to 45 years) and 20 elderly (from 70 to 90 years). A relation with the host's ageing is therefore possible. Finally, the potentiality of a 6th order of methanogenic Archaea distantly related to a group of Archaea which anaerobicaly oxidized methane, the ANME 1, and its surprising association recovered with unknown Archaea affiliated with Thermoplasmatales, raises the question on the phylogenetic origin of these various microorganisms and underlines our current relative ignorance of one ofthe three domain of life.
Le microbiote intestinal constitue un réservoir d'activités enzymatiques riche et varié dont l'expression fait partie intégrante de la physiologie de l'organisme et influe sur sa santé. La mise en évidence par méthodes culturales classiques des Archaea méthanogènes est difficile et n'a permis à ce jour que la mise en évidence de 2 Methanobacteriales hydrogénotrophes au sein de ce microbiote : Methanobrevibacter smithii et Methanosphaera stadtmanae. Les travaux de cette thèse ont eu pour but d'apporter une vision moléculaire nouvelle de la diversité des Archaea méthanogènes du microbiote et de rechercher l'influence de l'âge sur ces communautés. Ces travaux ont été menés par analyse d'une partie du cistron mcrA, marqueur moléculaire spécifique de la méthanogenèse, et du gène codant pour l'ARNr 16S. Ces études ont révélé une plus grande diversité des Archea colonisant cet écosystème et ont mis en évidence de nouveaux phylotypes ne pouvant être rattachés à aucun des 5 ordres méthanogènes précédemment décrits. Ils correspondent probablement à d'autres espèces méthanogènes affiliées aux Thermoplasmatales ou cohabitent avec des membres encore inconnus des Thermoplasmatales. Une étude réalisée sur 63 individus répartis en nouveau-nés, adultes et seniors a montré que la fréquence de ces nouveaux phylotypes augmente avec le vieillissement. Ces résultats interrogent à la fois sur l'origine de ces divers organismes et leur présence au sein du mcrobiote intestinal du sujet âgé et soulignent notre relative méconnaissance d'un des trois domaines du vivant.
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Dates et versions

tel-00726349 , version 1 (29-08-2012)

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  • HAL Id : tel-00726349 , version 1

Citer

Agnès Mihajlovski. Réévaluation de la biodiversité du microbiote méthanogène intestinal humain et influence de l'âge sur sa constitution. Microbiologie et Parasitologie. Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II; Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I, 2009. Français. ⟨NNT : 2009CLF1PP07⟩. ⟨tel-00726349⟩
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