Skipping Nonsense to Maintain Function: The Paradigm of BRCA2 Exon 12
Laëtitia Meulemans
(1)
,
Romy L.S. Mesman
(2)
,
Sandrine Caputo
(3, 4)
,
Sophie Krieger
(1)
,
Marine Guillaud-Bataille
(5)
,
Virginie Caux-Moncoutier
(3, 4)
,
Mélanie Léoné
(6)
,
Nadia Boutry-Kryza
(7)
,
Johanna Sokolowska
(8)
,
Françoise Révillion
(9)
,
Capucine Delnatte
(10)
,
Hélène Tubeuf
(1)
,
Omar Soukarieh
(1)
,
Francoise Bonnet-Dorion
(11)
,
Virginie Guibert
(10)
,
Myriam Bronner
(12, 8)
,
Violaine Bourdon
(13)
,
Sarab Lizard
(8)
,
Paul Vilquin
(14)
,
Maud Privat
(15, 16)
,
Aurélie Drouet
(1)
,
Charlotte Grout
(1)
,
Fabienne M.G.R. Calléja
(2)
,
Lisa Golmard
(3, 4)
,
Harry Vrieling
(2)
,
Dominique Stoppa-Lyonnet
(3, 17)
,
Claude Houdayer
(1, 3, 18)
,
Thierry Frebourg
(1, 18)
,
Maaike P.G. Vreeswijk
(2)
,
Alexandra Martins
(1)
,
Pascaline Gaildrat
(1)
1
GPMCND -
Génomique et Médecine Personnalisée du Cancer et des Maladies Neuropsychiatriques
2 Center for Human and Clinical Genetics
3 Service de Génétique Oncologique
4 PSL - Université Paris Sciences et Lettres
5 IGR - Institut Gustave Roussy
6 Unité Mixte de Génétique Constitutionnelle des Cancers Fréquents
7 HCL - Hospices Civils de Lyon
8 Service de Génétique [CHRU Nancy]
9 Laboratoire d'Oncologie Moléculaire Humaine
10 Service de génétique médicale - Unité de génétique clinique [Nantes]
11 VINCO - Validation et identification de nouvelles cibles en oncologie
12 NGERE - Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux
13 Service d'Oncologie Génétique, de Prévention et Dépistage
14 Service de Biopathologie [CHRU Montpellier]
15 UNICANCER/CJP - Centre Jean Perrin [Clermont-Ferrand]
16 IMoST - Imagerie Moléculaire et Stratégies Théranostiques
17 U830 - Unité de génétique et biologie des cancers
18 Service de génétique [Rouen]
2 Center for Human and Clinical Genetics
3 Service de Génétique Oncologique
4 PSL - Université Paris Sciences et Lettres
5 IGR - Institut Gustave Roussy
6 Unité Mixte de Génétique Constitutionnelle des Cancers Fréquents
7 HCL - Hospices Civils de Lyon
8 Service de Génétique [CHRU Nancy]
9 Laboratoire d'Oncologie Moléculaire Humaine
10 Service de génétique médicale - Unité de génétique clinique [Nantes]
11 VINCO - Validation et identification de nouvelles cibles en oncologie
12 NGERE - Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux
13 Service d'Oncologie Génétique, de Prévention et Dépistage
14 Service de Biopathologie [CHRU Montpellier]
15 UNICANCER/CJP - Centre Jean Perrin [Clermont-Ferrand]
16 IMoST - Imagerie Moléculaire et Stratégies Théranostiques
17 U830 - Unité de génétique et biologie des cancers
18 Service de génétique [Rouen]
Sandrine Caputo
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756410
- ORCID : 0000-0001-5338-9388
- IdRef : 111394759
Virginie Caux-Moncoutier
- Fonction : Auteur
- PersonId : 907326
Capucine Delnatte
- Fonction : Auteur
- PersonId : 910040
Violaine Bourdon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 889847
Maud Privat
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1023213
- IdHAL : maud-privat
- ORCID : 0000-0002-9373-3902
Lisa Golmard
- Fonction : Auteur
- PersonId : 929955
Dominique Stoppa-Lyonnet
- Fonction : Auteur
- PersonId : 770393
- ORCID : 0000-0002-5438-8309
- IdRef : 050298550
Claude Houdayer
- Fonction : Auteur
- PersonId : 179728
- IdHAL : claude-houdayer
- ORCID : 0000-0002-5190-0389
- IdRef : 059930675
Alexandra Martins
- Fonction : Auteur
- PersonId : 178491
- IdHAL : alexandra-martins
- ORCID : 0000-0003-4322-8497
- IdRef : 193598175
Pascaline Gaildrat
- Fonction : Auteur
- PersonId : 889701
Résumé
Germline nonsense and canonical splice site variants identified in disease-causing genes are generally considered as loss-of-function (LoF) alleles and classified as pathogenic. However, a fraction of such variants could maintain function through their impact on RNA splicing. To test this hypothesis, we used the alternatively spliced BRCA2 exon 12 (E12) as a model system because its in-frame skipping leads to a potentially functional protein. All E12 variants corresponding to putative LoF variants or predicted to alter splicing (n = 40) were selected from human variation databases and characterized for their impact on splicing in minigene assays and, when available, in patient lymphoblastoid cell lines. Moreover, a selection of variants was analyzed in a mouse embryonic stem cell–based functional assay. Using these complementary approaches, we demonstrate that a subset of variants, including nonsense variants, induced in-frame E12 skipping through the modification of splice sites or regulatory elements and, consequently, led to an internally deleted but partially functional protein. These data provide evidence, for the first time in a cancer-predisposition gene, that certain presumed null variants can retain function due to their impact on splicing. Further studies are required to estimate cancer risk associated with these hypomorphic variants. More generally, our findings highlight the need to exercise caution in the interpretation of putative LoF variants susceptible to induce in-frame splicing modifications.
Significance: This study presents evidence that certain presumed loss-of-function variants in a cancer predisposition gene can retain function due to their direct impact on RNA splicing.